De darm, als orgaan met als hoofdfunctie het verteren, opnemen en verwerken van voedsel, is zeer kwetsbaar. Vanwege het feit dat voor deze functie de scheiding tussen bloed en darminhoud zeer dun moet zijn, is het risico van opname van niet gewenste stoffen en organismen erg groot. Om dit risico binnen te perken te houden bevat de darm een zeer uitgebreid controle-en defensiemechanisme, de zgn GALT (Gut-Associated Lymphoid Tissue). Populair gezegd bevindt ongeveer 70 % van het immuunsysteem zich in en om de darm. Dat dit systeem zich niet alleen bezighoudt met de directe defensie van de darm, maar dat de effecten zich ook tot de rest van het lichaam uitstrekken – als het ware het totale immuunsysteem ‘traint’-  is in het laatste decennium steeds beter onderzocht. Ook de rol die de residente microbiota hierbij speelt, wordt steeds duidelijker. Een grote hoeveelheid literatuur over het immuunsysteem en de darm is beschikbaar, waarvan een klein deel hieronder volgt.